Das Spiel setzt dort an, wo der Vorgänger aufgehört hat. Nachdem sich der Physikstudent Brian Basco und die Stripperin Gina Timmins das Geld der Mafia auf raffinierte Weise angeeignet haben, brechen sie zu einem Urlaub nach Hawaii auf. Dort beschließen beide, einen berühmten Wasserfall auf der Insel Mala zu erkunden. Während des Flugs dorthin erleidet der Pilot einen Herzinfarkt. Brian überlässt Gina den einzigen Fallschirm der Maschine und stößt sie über einem tropischen See auf dem Eiland aus dem Flugzeug, während er mit dem Flugzeug abstürzt.
Brian überlebt den Absturz und macht sich auf die Suche nach Gina – nur, um festzustellen, dass deren Absprungort in einem militärischen Sperrgebiet liegt, das vom halsstarrigen Colonel Kordsmeier kontrolliert wird. Nachdem er es unter Mithilfe einiger Einheimischer sowie von Joshua, dem spleenigen Forscher aus Teil 1, geschafft hat, in die Anlage zu gelangen, findet er zwar nicht seine Freundin, dafür aber außerirdische Technologie. Erst nach der Flucht und einem Treffen mit dem Wissenschaftler James Simon in Alaska kommt Licht ins Dunkel.

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