Far Cry New Dawn spielt im selben Gebiet Hope County, wie Far Cry 5, ist allerdings im Norden und Osten verkleinert und die Handlung spielt sich 17 Jahre später ab. Als sich die Mitglieder von Prosperity aus ihren Bunkern trauen, halten bereits die Highwaymen – angeführt von den Schwestern Mickey und Lou – die Kontrolle über große Teile von Hope County. Lediglich die Grenze zum scheinbar menschenleeren Nordteil der Karte wird durch New Eden kontrolliert, die nachts außerhalb ihres Gebiets gegen die Highwaymen patrouillieren und sich als Nachfolger der Peggies (Project at Eden’s Gate, die christlich-fanatische Antagonistenorganisation aus Far Cry 5) verstehen.
Das Spiel beginnt damit, dass der Spielercharakter, der wahlweise männlich oder weiblich sein kann, und weitere Kämpfer mit dem Zug nach Hope County fahren, um Prosperity zu unterstützen. Die Highwaymen lassen den Zug entgleisen und töten alle Überlebenden des Zugunglücks außer den Spieler und Thomas Rush, die aber getrennt werden. Der Spieler wird von Carmina, Tochter der Anführerin von Prosperity, gefunden und für den Widerstand gegen die Highwaymen gewonnen.

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